乡村振兴审计应重点关注项目绩效，应从两方面入手，一是项目资金管理使用和项目建设情况（资金绩效），二是项目建成后的管理使用情况和社会效益（项目绩效）。
在开展项目资金管理使用和项目建设审计时，要通过四项数据（财政部门国库集中支付系统数据、预算指标数据、乡村振兴管理部门信息系统数据、项目储备库数据）的审查比对分析，揭示项目资金管理使用存在的资金投向与项目库"两张皮"、滞留闲置、延压拨付、超进度多拨付、违规用于市政建设、弥补公用经费及“负面清单”等7个财政财务问题；揭示资金长时间闲置与项目建设资金短缺并存的财政资金绩效问题；查处贪污侵占、挤占挪用、挥霍浪费等违纪违法行为。要检查在项目建设上擅自变更实施内容、高估冒算、虚假验收等问题；检查执行招投标、工程监理、合同管理及竣工验收等建设项目制度情况,查处偷工减料、质量差、安全方面等违纪违法行为。
在开展项目建成后的管理使用情况和社会效益审计时，要从结果导向中入手。一是检查项目是否达到预期建设目标，是否具备生产条件，生产用的原料、动力如何解决，产品是否达标、是否具备市场潜能，安排就业情况如何等。二是检查项目建设后，形成的资产的权属是否明晰，是否按约定移交产权人，揭示项目建成项目长时间闲置、废弃等损失浪费问题。
