近年来，国家财政对农业不断加大投入，农业专项资金在加强农村基础设施建设，推进农业经济结构调整，增加农民收入，促进农村经济发展方面发挥了积极作用。但农业专项资金在管理和使用中也还存在诸多不容忽视的问题，需要有关方面高度重视并切实加以解决。
一、农业专项资金管理中存在的主要问题
（一）预算编制不严格，缺少约束力。农业专项资金应纳入预算管理，但有的地方未将专项资金纳入预算编制，或编制不完整，质量不高，导致项目支出随意，缺少计划性；有的地方或单位擅自调整专项资金的使用范围，或者改变资金用途，农业专项资金刚性约束力不强。
（二）项目立项不科学，缺乏前期论证。农业专项资金涉及广大农民切身利益，应科学选定项目，使项目更好的发挥助推农村经济发展作用。但在实际应用中有的主管单位不能客观分析当地自然条件，片面将其他地方的项目纳入本地区，导致项目落地后“水土不服”，不受农民欢迎，甚至被搁置弃用。
（三）资金下拨不及时，存在滞拨现象。有的主管部门未及时将财政专项资金拨付到项目单位，而是滞留在其二级单位，直接影响到项目实施进度；有的将资金集中在第四季度拨付，年底形成大量结余。一方面工程建设缺乏资金，另一方面大量资金又躺在“账上”，无法有效发挥使用效益。
（四）资金管理不严格，专款不能“专用”。一是缺少专账管理。有的镇村将上级拨付的资金放在不同的科目内列支，没有实行专账管理。二是经费支出不规范。对于一些项目建设支出，如购置材料、工资发放等没有使用正规发票，而是打的“白条”，或者使用过期、非本门类发票列支。三是挤占挪用专项资金仍然存在。有的单位以经费预算不足为由，将农业专项资金用于弥补单位经费缺口，如用于招待费、燃油费以及办公费开支等；还有的将专项资金经费用于垫支其他项目经费，导致应实施的项目无法实施。
（五）项目管理不规范，资金使用效益不高。一是招投标制度执行不严。存在未经招投标就直接确定施工单位的现象；或虽然组织了招投标，但存在串标、围标等问题。二是未严格执行政府采购制度。购买原材料成本过高，项目建设高估冒算，损失浪费严重。三是项目结算手续不齐全。没有通过项目主管部门的审核就结算了工程款；虽然经过了第三方审计，但相关中介机构审核不严，工程审减额多为零。四是项目后期缺乏跟踪管理。往往是工程完工了事，对项目产生的效益情况未进行检查评判，后期缺乏跟踪管理。
二、加强农业专项资金管理的对策
（一）严格预算编制，增强刚性约束。要按照《预算法》要求，认真做好农业专项资金的预算编制工作，做到预算真实完整、科学合理；预算一经批复，项目单位必须按要求不折不扣的完成，一般不得自行调整、更改项目；确有特殊原因需要更改的，应履行严格的审批手续。
（二）完善决策机制，推进科学立项。农业项目受地理条件、环境气候的影响较大，一定要因地制宜，合理实施。立项前应组织专家进行科学严格的论证，有可行性的再组织实施；项目确定前需经班子集体讨论，并广泛征求干部职工和项目所在乡镇群众意见后方可申报，切忌个人包办，不经调查论证仓促申报。
（三）健全规章制度，规范资金管理。一是规范专项资金核算。要健全单位内控制度，加强财务管理，严禁“白条”入账和大额现金结算，要按照规定的标准、范围列支费用，正确核算。二是资金专款专用。对农业专项资金，要做到专账核算、专人管理、专款专用，杜绝套取、挤占、挪用、截留专项资金现象。三是严格资金直达。实行资金直拨项目实施单位，减少资金下拨的中间环节和停留时间，发挥好农业专项资金使用效益。
（四）强化项目监管，严格追责问责。一是建立项目全程监管机制。监察、财政、审计等部门要建立联合检查机制，对农业专项资金涉及的项目，实行常态化监督，做到事前、事中、事后全程监管。二是完善项目绩效评价制度。建立科学的农业专项资金项目评价体系，从项目立项、资金拨付使用、工程建设质量到项目产生效益进行全面评价，评价结果纳入干部考核任用管理。三是严格追责问责。对因管理原因造成资金拨付不及时、财务管理混乱、工程质量不高以及项目效益不佳的，要严肃追究相关责任人的责任；对严重违纪触犯法律的，要移交纪检司法机关处理。
